Fermentatie is een proces waarbij micro-organismen worden gebruikt om producten te maken uit organische stof. Ingenia heeft ruime ervaring met fermentatie-onderzoek op kleine schaal van 1 tot 200 liter. Concrete voorbeelden zijn productie van ethanol uit suiker- of zetmeelrijke stromen (bijvoorbeeld aardappelstromen, …) of productie van organische zuren. Daarnaast beschikt Ingenia ook over de mogelijkheden om deze producten te zuiveren door (vacuüm)destillatie, extractie of filtratie.